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Von 1608 bis 1627 wird in Peine wieder eine bischöfliche Münzstätte eingerichtet. Diese Münze hat jedoch keinen guten Ruf, viele Münzen werden gefälscht oder minderwertig geprägt.
Vielerlei Auseinandersetzungen mündeten 1618 in den Dreißigjährigen Krieg, der zunächst als Religionskrieg zwischen böhmischen, protestantischen Adligen mit ihrem katholischen Landesfürsten beginnt und sich bald zu einem europäischen Machtkampf ausweitet.
1623 wird das heutige niedersächsische Gebiet erstmals von Kampfhandlungen betroffen. Auch in Peine rechnet man mit Kämpfen, hildesheimische Soldaten werden stationiert, Wallanlagen und Stadtgraben werden ausgebessert.
Die Stadtbefestigung wird weiter verstärkt, Wachhäuser und ein Galgen werden auf dem Marktplatz errichtet. Im Sommer kommt es zu ersten Kämpfen im Stiftsgebiet.
Die Stadt wird im August für kurze Zeit von dänischen Truppen besetzt, bis Tilly die Stadt belagert und schließlich bis zum Sommer 1627 sein Hauptquartier nach Peine verlegt.
Durch den kaiserlichen Beschluß der Gegenreformation müssen auch die Peiner Bürger den katholischen Glauben annehmen oder binnen drei Monaten das Stadtgebiet verlassen. Viele verlassen Peine, nachdem sie Ihren Grundbesitz haben verkaufen müssen.
In diesem Jahr wechseln sich schwedische und katholische Besatzungen in Peine ab, Peine bittet Friedrich Ulrich von Braunschweig um Hilfe und erkennt ihn dadurch als Lehnsherrn an.
Im Sommer wird Peine belagert und schließlich von Wolfenbütteler Truppen erobert. Die Stadt wird an Herzog Friedrich Ulrich von Braunschweig übergeben. Die Gegenreformation ist beendet, die Glaubensflüchtlinge können zurückkehren.
Durch die Niederlage Napoleons in der Leipziger Völkerschlacht bricht auch das Königreich Westphalen zusammen.