Von 1608 bis 1627 wird in Peine wieder eine bischöfliche Münzstätte eingerichtet. Diese Münze hat jedoch keinen guten Ruf, viele Münzen werden gefälscht oder minderwertig geprägt.
Vielerlei Auseinandersetzungen mündeten 1618 in den Dreißigjährigen Krieg, der zunächst als Religionskrieg zwischen böhmischen, protestantischen Adligen mit ihrem katholischen Landesfürsten beginnt und sich bald zu einem europäischen Machtkampf ausweitet.
1623 wird das heutige niedersächsische Gebiet erstmals von Kampfhandlungen betroffen. Auch in Peine rechnet man mit Kämpfen, hildesheimische Soldaten werden stationiert, Wallanlagen und Stadtgraben werden ausgebessert.
Die Stadtbefestigung wird weiter verstärkt, Wachhäuser und ein Galgen werden auf dem Marktplatz errichtet. Im Sommer kommt es zu ersten Kämpfen im Stiftsgebiet.
Die Stadt wird im August für kurze Zeit von dänischen Truppen besetzt, bis Tilly die Stadt belagert und schließlich bis zum Sommer 1627 sein Hauptquartier nach Peine verlegt.
Durch den kaiserlichen Beschluß der Gegenreformation müssen auch die Peiner Bürger den katholischen Glauben annehmen oder binnen drei Monaten das Stadtgebiet verlassen. Viele verlassen Peine, nachdem sie Ihren Grundbesitz haben verkaufen müssen.
In diesem Jahr wechseln sich schwedische und katholische Besatzungen in Peine ab, Peine bittet Friedrich Ulrich von Braunschweig um Hilfe und erkennt ihn dadurch als Lehnsherrn an.
Im Sommer wird Peine belagert und schließlich von Wolfenbütteler Truppen erobert. Die Stadt wird an Herzog Friedrich Ulrich von Braunschweig übergeben. Die Gegenreformation ist beendet, die Glaubensflüchtlinge können zurückkehren.
Nach dreißig Jahren kriegerischer Auseinandersetzungen kommt es endlich zum Westfälischen Frieden. Peine ist wegen der hohen Kriegssteuern bankrott, die Stadt teilweise zerstört.
1756 kommt es in den Kolonien zum Krieg zwischen Frankreich und Großbritannien. Die Bündnisse auf beiden Seiten verwickeln auch Peine in diese Auseinandersetzung, bis 1763 muß Peine die Kriegsparteien mit Geld und Arbeitskräften unterstützen.
In der Folge der französischen Revolution verbünden sich 1792 Preußen und Österreich gegen Frankreich. 1792/93 ziehen preußische Truppen durch Peine.
1802 wird das Hildesheimer Stiftsgebiet preußisch besetzt, durch den Reichdeputationshauptschluß verlieren die kirchlichen Fürstentümer ihre Macht, 1803 kommt Peine zu Preußen. Das baufällige Peiner Schloß wird abgebaut.
Durch die Niederlage Preußens bei Jena und Auerstädt fällt Peine an das Königreich Westphalen von Napoleons Gnaden. Die Verwaltung wird nach französischem Vorbild umgestaltet.
Durch die Niederlage Napoleons in der Leipziger Völkerschlacht bricht auch das Königreich Westphalen zusammen.
Mit der Konstituierung des Amts Peine am 01.05.1815 durch die hannoversche Regierung wird Peine Teil des Königreiches Hannover.
1825 wird in England die erste Eisenbahnlinie Stockton nach Darlington in Betrieb genommen. Auf der 15 km langen Linie fährt die erste Dampflokomotive der Welt. Das Industriezeitalter beginnt.
Nachdem sich weitere Reparaturen am Rathaus nicht mehr lohnen, wird das Gebäude für 240 Rtlr. auf Abbruch verkauft und an gleicher Stelle - teilweise mit den alten Steinen - ein neues Rathaus erbaut.
Bereits 1834 förderte Peine den Gedanken einer Bahnlinie zwischen Hannover und Braunschweig, erhoffte man sich durch den Bahnanschluß doch wirtschaftlichen Aufschwung. Am 1. 12.1843 fuhr der erste Zug von Hannover nach Peine (Telgte).