Das Dritte Reich veränderte auch das Leben der Stadt in vielfacher Hinsicht.
Zu den dunkelsten Kapiteln gehört die Emigration und Zwangsvertreibung der über 100 jüdischen Mitbürger aus vielfach alteingesessenen Peiner Familien. Von ihnen überlebten nur ganz wenige Verfolgung und Konzentrationslager.
Ihre Synagoge war schon 1938 in der sogenannten Reichskristallnacht ein Schandopfer planmäßiger Brandstiftung geworden. Hans Marburger, Sohn einer jüdischen Kaufmannsfamilie, wurde in der Synagoge ermordet.
An dem Ort der zerstörten Synagoge steht heute als Mahnmal eine steinerne Säule.